Geo-Energie Suisse AG travaille en étroite collaboration avec différents instituts de recherche nationaux, mais aussi internationaux. La coopération est particulièrement étroite avec le centre de compétences suisse pour la recherche énergétique – Production d’électricité, en abrégé SCCER-SoE (en anglais «Swiss Competence Center for Energy Research – Supply of Electricity»), fondé par la Commission fédérale pour la technologie et l’innovation (KTI). Son objectif est d'accompagner scientifiquement et de soutenir le tournant énergétique. Les EPF, les différentes universités et d'autres centres de recherche y participent également. Un élément essentiel du SCCER-SoE réside entre autres dans les travaux dans le laboratoire souterrain du Grimsel. En 2016, des expériences y ont été menées dans le domaine de la stimulation et de la circulation in situ. Geo-Energie Suisse AG participe à ces travaux en tant que partenaire industriel. Un autre laboratoire souterrain dans le Val Bedretto est en préparation.